貨運運輸是公司的重要運輸業務。公司所轄廣坪段鐵路是京廣大動脈南段，在國內運輸事業中位置舉足輕重，貨運業務不斷壯大，貨運市場日益蓬勃。所轄廣深段鐵路是中國鐵路幹線與港口連接最緊密的鐵路線之壹，分別與廣州的廣州港和深圳的鹽田港、蛇口港、赤灣港、媽灣港連接。

公司擁有完善配套的貨運設施，能有效地進行整車、零擔、集裝箱、笨重貨物、危險貨物、鮮活貨物、超限貨物的運輸，在中國內陸中長遠距離運輸方面具有較強競爭優勢。

為滿足珠江三角洲、粵中、粵北的經濟發展對鐵路運輸的需求，公司開發了多個大型貨場。為擴大粵港進出口貨物的通關能力，公司與深圳海關合作建成國內鐵路第壹個正規全封閉的海關專用監管場－深北貨運口岸進出口貨物監管場。為提高工作效率和貨物安全，公司實行貨運電腦售票和提供保價運輸服務。

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